Nậm So bắt nguồn từ vùng núi thị trấn Tam Đường huyện Tam Đường, chảy về hướng tây bắc qua xã Thèn Sín [4]. 22°24′39″B 103°29′23″Đ / 22,41083°B 103,48972°Đ / 22.41083; 103.48972 (Nậm So)

Tại xã Nậm Xe huyện Phong Thổ, Nậm So hợp lưu với dòng Nậm Xe chảy từ phía đông tới. Tại đây sông đổi hướng chảy gần tây. 22°30′33″B 103°24′34″Đ / 22,50917°B 103,40944°Đ / 22.50917; 103.40944 (Nậm So)

Tới thung lũng ở xã Mường So thì hợp lưu với dòng Nậm Lùm chảy từ các xã Khổng Lào và Bản Lang từ phía đông bắc đến.

Tại xã Mường So dòng Nậm So chảy uốn cong, từ hướng tây nam sang tây bắc rồi chính tây, đến bản Pa So thì đổ vào Nậm Na.